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MEGA進(jìn)化樹

MEGA進(jìn)化樹

V7.0.26 免費(fèi)版分子進(jìn)化遺傳分析軟件評(píng)分:
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MEGA 7是來自國(guó)外的一款操作便捷,功能強(qiáng)大的分子進(jìn)化遺傳分析軟件,全稱:Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款專業(yè)的進(jìn)化樹軟件,用于分析來自物種和種群的DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù),可用于序列比對(duì)、進(jìn)化樹推斷、估計(jì)分子進(jìn)化速度、驗(yàn)證進(jìn)化假說等。

MEGA進(jìn)化樹

軟件說明

MEGA 7是來自國(guó)外的一款操作便捷,功能強(qiáng)大的分子進(jìn)化遺傳分析軟件。非常適合生物學(xué)家和科研人員輕松進(jìn)行進(jìn)化分析和分子鑒定。軟件功能齊全,界面簡(jiǎn)單直觀,新版本帶來了更多的功能和改善,增加了了向?qū)较到y(tǒng),用于識(shí)別樹中的基因復(fù)制事件。并且重新考慮樹資源管理器,以便可以顯示多達(dá)100k類群的樹。Timetree系統(tǒng)用于估計(jì)系統(tǒng)發(fā)育中所有分支點(diǎn)的相對(duì)和絕對(duì)發(fā)散時(shí)間(Tamura等人,2012)等等。有需求的用戶請(qǐng)下載這款MEGA 7進(jìn)化樹軟件。

功能特點(diǎn)

1、【序列分析】

系統(tǒng)發(fā)育推論

型號(hào)選擇

約會(huì)和時(shí)鐘

祖?zhèn)鲊?guó)家

選擇和測(cè)試

序列比對(duì)

2、【統(tǒng)計(jì)方法】

最大似然

距離方法

普通最小二乘

最大的簡(jiǎn)約

復(fù)合似然

貝葉斯

3、【強(qiáng)大的視覺工具】

對(duì)齊/跟蹤編輯器

探索

數(shù)據(jù)探索者

傳奇發(fā)電機(jī)

基因復(fù)制向?qū)?/p>

時(shí)間樹向?qū)?/p>

使用教程

1、首先根據(jù)提示安裝好軟件之后,準(zhǔn)備需要建樹的序列,并將序列保存為fasta格式。

2、打開MEGA7,點(diǎn)擊Align--Edit/built Alignment,選擇Create a new alignment,點(diǎn)擊ok。

3、打開剛剛保存下來的fasta序列。

4、點(diǎn)擊Alignment –Align by ClustalW ,選擇所有序列,出現(xiàn)下圖,參數(shù)根據(jù)需求修改,在這我們就直接選擇默認(rèn),點(diǎn)擊ok。

5、比對(duì)完成后,點(diǎn)擊Data –Phylogenetic Analysis,出現(xiàn)下圖坐標(biāo)箭頭指向的兩個(gè)按鈕。

6、點(diǎn)擊Phylogeny,有5個(gè)構(gòu)建進(jìn)化樹的方法,一般選擇MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(鄰接法)和Minimum-Evolution(最小進(jìn)化法)方法,在此選擇選擇Neighbor-Joining(鄰接法)建樹。

7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點(diǎn)擊Compute得到下面結(jié)果,根據(jù)自己的需求對(duì)樹進(jìn)行修飾。

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